Embassytown transcurre principalmente en la ciudad que da nombre a la novela, en español Ciudad Embajada. La Ciudad Embajada existe en el mismísimo límite del "manchmal" (término alemán para "a veces", expresado en la novela como "cada día"), que se supone que es la tercera iteración del universo conocido, y dadas las enormes distancias respecto a cualquier otro punto solo es accesible navegando a través del "ínmer" (adaptado del original "Immer" en la novela, término alemán para "siempre"), un universo permanente al que se aplican diferentes conceptos de tiempo y espacio.

Ciudad Embajada es una colonia de un estado llamado Bremen y sus bienes comerciales (metales preciosos y, sobre todo, biotecnología de procedencia alienígena), junto con la posición única de la ciudad al borde del universo conocido, la convierten una colonia particularmente importante.

Avice Benner Cho, una "inmersora", una viajera del ínmer, ha vuelto a su hogar de la infancia tras sus aventuras en el "exterior". En el planeta Arieka, humanos y "exots" (la palabra para extraterrestres exóticos) coexisten con los Ariekei, los enigmáticos seres autóctonos de aspecto vagamente insectoide, conocidos como Anfitriones. Pocas personas hablan el idioma de los Anfitriones, al que se hace referencia solo como el "Idioma", pues requiere que el orador pronuncie dos palabras a la vez. Los únicos humanos (Terres) que pueden hacerlo son gemelos lingüistas diseñados genéticamente, doppels, para que compartan un grado de comprensión mutua cercano a compartir mente a los que se conoce como Embajadores, criados únicamente para dicho propósito. Los Embajadores hablan con dos bocas y una mente y por ello los Ariekei, quienes no reconocen ni comprenden otras formas de comunicación, pueden entender lo que dicen, lo que permite comerciar con su valiosa biotecnología. El Idioma de los Anfitriones no permite la mentira, ni siquiera conceptos relacionados como la especulación; de hecho crean símiles mediante el reclutamiento de individuos para que lleven a cabo extraños comportamientos que se convierten así en alusiones en el Idioma. Avice es uno de esos símiles humanos, "la niña a la que hirieron en la oscuridad y que comió lo que le dieron". Desde la llegada de los humanos los Ariekei compiten en Festivales de Mentiras para ver quien puede acercarse más a pronunciar una falsedad, un acto a la vez excitante y tabú.

La relación entre humanos y Ariekei se ha mantenido en una relativa tranquilidad durante muchos años (expresados en kilohoras). Sin embargo, cuando llega desde Bremen un nuevo Embajador llamado Ez⁄Ra que no ha sido diseñado genéticamente para hablar Idioma pero que aun así puede hacerlo, todo cambia. El discurso del nuevo Embajador, creado por Bremen, droga a los Anfitriones y como resultado la población Ariekei al completo se vuelve adicta al habla del Embajador indiferentemnte de lo que exprese, hasta el extremo de que no pueden vivir sin ella. Mientras la situación se deteriora, la relación de Avice con los Anfitriones como símil humano, y con uno de los Embajadores, la empujan a buscar una solución.